A tradicional Copa São Paulo de Futebol Júnior, conhecida como Copinha, é a principal competição de base do futebol brasileiro e acontece no início de todos os anos, organizada pela Federação Paulista de Futebol (FPF).

O Cruzeiro foi campeão da Copinha no ano de 2007, em um time que era comandado pelo técnico Enderson Moreira. A grande final da competição foi contra o São Paulo, e a Raposa venceu nos pênaltis por 6 a 5, após empatar a partida em 1 a 1.

Na temporada de 2026, o Cruzeiro conquistou o seu segundo título da Copinha, ao derrotar novamente o São Paulo em uma final. Os Crias da Toca derrotaram o tricolor paulista por 2 a 1 e conquistaram a competição nacional.